ゲノム・スキャニング（RLGS）法によるイネ品種のDNAフィンガープリント

［要約］

イネから抽出したDNAをゲノム・スキャニング（RLGS）法の二次元電気泳動によって解析した。品種の比較では・日本晴とコシヒカリを正確に区別でき、新しいDNAフィンガープリントとしてきわめて有効である。

四国農業試験場・作物開発部・育種工学研究室
［連絡先］0877-62-0800
［部会名］生物工学
［専門］バイテク
［対象］稲類
［分類］研究

［背景・ねらい］

品種の同定・識別技術は、植物ゲノム研究の進展にともないDNA多型が利用され始めている。しかし、制限酵素断片長多型（RFLP）や特定DNA断片の増幅を行うPCR法は多数の遺伝子座を一度に解析することには適しておらず、同じ実験操作を繰り返す必要がある。そこで、ゲノム・スキャニング法に着目し、イネ品種に対して新しいDNAフィンガープリントとして利用できることを明らかにした。

［成果の内容・特徴］

1. イネDNA5μgをNotⅠで消化、端部をRIで標識化、EcoRVで消化し,そのうち1.5μgをアガロース・ゲル電気泳動（1次元目）し、ゲルのままＭboⅠで消化し、アクリルアミド・ゲル電気泳動（2次元目）した。ゲルを乾燥後オートラジオグラフイでⅩ線フィルムに感光させ、3.000個以上のスポットを得た。
2. 1次元目（１－D）ではDNA断片長約9kbpから500bp、2次元（2－D）ではおよそ2kbpから100bpの範囲で分離した。
3. 遺伝的に遠縁のインデイカ品種とジャポニカ品種との比較では・スポット同士の対応がつきにくい程異なったパターンを示した。インデイカ在来品種「柳州包芽早」とジャポニカ型品種「日本晴」との間では、RLGSパターンに基づく遺伝的な近縁度は0.344であった。
4. 遺伝的に近縁のジャポニカ品種同士の比較では、きわめて類似したパターンを示した。「日本晴」と「コシヒカリ」の間では，遺伝的な近縁度は0.980であった。逆にいえば、きわめて近縁の品種間でもゲノム・スキャニング法によって明確に識別できた。（図1）

［成果の活用面・留意点］

1. ゲノム・スキャニング法は少量のDNA試料を用いて品種同定・識別に利用が可能であり、イネ以外の作物にも応用可能と考えられる。
2. 実際の品種同定のためには、各品種のRLGSパターンのデータベースの構築が必要であり、画像データを処理するための装置やソフトウェアが必要となる。

 ［その他］

　

研究課題名：イネ品種同定のための効率的検定法と分子マーカーの開発

予算区分　 ：イネ・ゲノム　

研究期間　 ：平成6年度（平成6～9年度）

研究担当者：河瀬眞琴、石原次郎、富岡啓介

発表論文等：ゲノムスキャニング法を適応した植物の新しいフィンガープリント

　

　　　　　　　　育種学雑誌44巻別冊1号（講演要旨）、1994　　
　　　         　Application of the restriction landmark genomic scanning （RLGS）　method to rice cultivars as a new fingerprinting technique 　       

　　　　　　　　　　Theor．Appl．Genet．89（７-8）：861-864，1994．
　

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