RLGSによる菌類の変異解析法

［要約］

RLGS (ゲノムスキャニング法) は菌類における変異株と野生株のDNAレベルでの違い (DNA多型) を効率的に検出する手法として有効である。

四国農業試験場・作物開発部・育種工学研究室・病虫害研究室
［連絡先］0877-62-0800
［部会名］生物工学 
［専門］　バイテク 
［対象］ 微生物 
［分類］ 研究 

［背景・ねらい］

菌類においても様々な変異株をDNAレベルで効率的に解析する手法が求められている。そこで，微少な遺伝的変異に基づくと考えられるColletotrichum acutatumとC. gloeosporioidesの硝酸塩利用能欠損変異株 (表現型nit 1) を，DNA多型検出法のひとつであるRLGS (ゲノムスキャニング法) によって分析し，菌類の変異解析における本法の有効性を評価する。

［成果の内容・特徴］

1. C. acutatumおよびC. gloeosporioidesのnit 1変異株の全DNAをNot1(ランドマーク) 　EcoRV　Mbo Iの制限酵素組み合わせでRLGS分析すると，約3,000個のスポットからなるプロファイルが得られる (図)。
2. 変異株のプロファイルを野生株のものと比較すると，両者間に違い (多型) が認められる。野生株では変異株と比べ，強いシグナルのスポット (高コピースポット) が検出できる (図中矢印)。
3. 他のスポットには違いが認められないことから，多型スポットに対応するDNA領域がnit 1変異と関連している可能性がある。。
4. RLGSは菌類における変異株と野生株のDNAレベルでの違いを効率的に検出する手法として有効である。

1. ゲノム情報が乏しい菌類の病原性や薬剤耐性等の表現形質関連遺伝子を単離する際，その一次スクリーニングにRLGSが利用できる。
2. RLGSを行うには，ラジオアイソトープ施設およびプロファイルの画像解析処理装置が必要である。