カンキツ果実由来の EST データベースの作成

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要約

EST (遺伝子の部分的塩基配列)の解析により遺伝子の発現情報が分るため、カンキツ果実由来の EST を大量に解析し、塩基配列や塩基配列から推定された遺伝子機能等の情報をデータベース化した。本データベースはカンキツ遺伝子研究の基盤的情報となる。

  • キーワード:カンキツ、遺伝子、EST、データベース
  • 担当:果樹研・カンキツ研究部・遺伝解析研究室
  • 連絡先:成果情報のお問い合わせ
  • 区分:果樹・育種
  • 分類:科学・参考

背景・ねらい

カンキツ果実の特性に関わる遺伝子を明らかにするために、さまざまな発育時期のカンキツ果実のさまざまな部位から、発現している遺伝子を cDNA ( mRNA を逆転写した相補的な DNA )の形で網羅的に集めて、それらの部分的な塩基配列(EST)を読み取り、その情報から EST が由来する遺伝子の機能を推定している。これまでに解析した cDNA は 6,000 を越え、カンキツ果実に由来する大量の遺伝子データを得ている。これらの情報を広くカンキツの遺伝子研究に利用していくために、EST に関する配列情報や注釈情報、保存情報等のデータを一元的に管理し、簡単に検索・閲覧することのできるデータベースシステムを開発することにした。遺伝子研究の分野では、ゲノム情報の利用が必須となってきており、カンキツ EST データベースは、果樹の遺伝子研究における基盤的な情報となる。

成果の内容・特徴

  • データベースの構成を図1に示した。データベースは、EST の注釈情報と全体の操作を行うインターフェースを設定したメインデータベース ZEUS と、2つのサブデータベース CHAOS 及び GAIA から構成されている。CHAOS には EST 解析で得られた EST の配列情報を、GAIA には EST が由来する cDNA クローンの管理・保存情報が収録されている。また、データベースを利用して作成した DNA マーカーに関する情報が POSEIDON で管理されており、ZEUS とリンクされ、相互に参照可能である。
  • データベースは市販のデータベースソフトウエア FileMakerPro5.5(ファイルメーカー社)で作成され、パーソナルコンピュータ(Winsows及びMacOS)上で動く。
  • データベースには、果樹研究所カンキツ研究部遺伝解析研究室で解析したすべての EST に関する情報が収録されている(表1)。
  • 「カンキツ EST データベース」に登録されている EST に関する各種の情報、例えば、推定された遺伝子名や機能分類のためのキーワード、注釈情報に対して、文字列検索が可能である。

成果の活用面・留意点

  • 本データベースを用いて、推定された遺伝子名や機能分類のためのキーワード検索を行うことによって、簡単に目的の EST 情報を閲覧することができる。
  • 本データベースから派生させたESTの塩基配列のデータベースと塩基配列の相同性を検索するソフトウエア(BLAST)を用いることによって、塩基配列あるいはアミノ酸配列による検索を行い、目的の EST 情報を閲覧することができる。
  • EST 解析を行った cDNA クローンはすべて保存されているため、目的の EST がデータベースから検索された場合には、ただちにその EST が由来する cDNA クローンを遺伝子解析の実験に利用することができる。

具体的データ

図1 「カンキツEST データベース」の主要構造とデータ量

 

表1 「カンキツEST データベース」に収録されているEST が得られたcDNA ライブラリの由来と それぞれのクローン数・配列数・塩基数

その他

  • 研究課題名:カンキツcDNAクローンカタログの作成と利用
  • 課題ID:09-02-07-*-10-02
  • 予算区分:交付金
  • 研究期間:2000～2004年度
  • 研究担当者:藤井浩、島田武彦、遠藤朋子、大村三男
  • 発表論文等:1)藤井ら (2002) 園学雑71(別1):74.
                      2)藤井ら (2002) 園学雑71(別2):58.