264種類のSSRマーカーについてサクラ属標準地図上での座乗領域を同定

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要約

アーモンド「テキサス」とモモ「アーリーゴールド」のF2集団6個体を用いて、合計264種類のSSRマーカーが、サクラ属標準地 図上の67領域に位置付けられる。本標準地図上にマッピング済みの185種類のSSRマーカーと合わせて、約450種類のSSRマーカーの詳細な位置また は領域を決定した。

• キーワード:SSRマーカー、モモ、連鎖地図
• 担当:果樹研・遺伝育種部・落葉果樹ゲノム研究チーム
• 連絡先:成果情報のお問い合わせ
• 区分:果樹・育種
• 分類:科学・参考

背景・ねらい

モモ、アーモンド、スモモ、アンズ、オウトウなどサクラ属では、10種類以上の連鎖地図が作成され、200種類程度のSSRマー カーが開発されている。地図情報の統合により、合計で28種類の遺伝形質の場所が明らかになっている。ヨーロッパで、アーモンド品種「テキサス」とモモ品 種「アーリーゴールド」のF2集団から作成されたサクラ属標準地図は、高密度でほぼ飽和の連鎖地図であり、185種類のSSRマーカーが位置付けられてい るが、有用形質のマーカー選抜やゲノム育種に利用可能なマーカー数は十分ではない。
日本(果樹研)、スペイン、フランス、イタリア、アメリカの各研究グループの共同研究により、ESTデータや濃縮ゲノムライブラリー由来の多数のSSRマーカーの領域マッピングを試みた。

成果の内容・特徴

• アーモンド品種「テキサス」とモモ品種「アーリーゴールド」のF2集団の中から、サクラ属標準地図の67領域を区別可能な6個体を用いて、領域マッピングを行った。領域は平均で7.8cM、最大で24.7cMの地図距離を持つ。
• 日本・果樹研を含む5か国の研究グループが共同して、EST由来の反復配列や濃縮ゲノムライブラリー由来のSSRマーカーなど合計401種類のSSRマーカーの領域マッピングを行い、そのうちの264種類の座乗領域を同定した(表1)。
• サクラ属標準地図上にマッピングされている185種類のSSRマーカーと、今回領域が同定された264種類のSSRマーカーを合わせて、合計で約450種類のSSRマーカーの詳細な位置あるいは領域を決定した。

成果の活用面・留意点

• サクラ属では、8つの連鎖群の相同性が保持されていることから、本SSRマーカーやその位置情報は、モモ、アーモンド、スモモ、ウメ、アンズ、オウトウなどの核果類果樹で利用可能である。
• 存在領域が特定された有用形質では、強く連鎖するSSRマーカーを効率良く取得することが可能である。
• 本研究で座乗領域が決定された264種類のSSRマーカーの塩基配列情報は、公的データベース(GenBank)に登録されている。

具体的データ

その他

• 研究課題名:モモとナシのDNAマーカーの作出と高密度連鎖地図の作成
• 課題ID:09-02-07-01-02-05
• 予算区分:受託金(DNAマーカー)
• 研究期間:2002∼2006年度
• 研究担当者:山本俊哉、西谷千佳子
• 発表論文等:1) Howad et al. (2005) Genetics 171: 1305-1309