サツマイモ斑紋モザイクウイルスの共通プライマーを用いたRT-PCRによる検出と系統識別

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要約

サツマイモ斑紋モザイクウイルスの既知のすべての系統に感染したサツマイモからRT-PCRによってウイルスを検出できるだけでなく、その増幅DNAを制限酵素で切断することにより系統識別も可能である。

  • 担当:九州農業試験場・地域基盤研究部・病害遺伝子制御研究室
  • 連絡先:096-242-1150
  • 部会名:総合農業(生産環境)、病害虫
  • 専門:作物病害
  • 対象:いも類
  • 分類:研究

背景・ねらい

わが国のサツマイモに広く発生しているサツマイモ斑紋モザイクウイルス(SPFMV)には、帯状粗皮病の病原である強毒系統(S系統)の他に、普通系統(O系統)及び徳島系統(T系統)がある。当研究室では、サツマイモからS系統とO系統をRT-PCRによって検出する方法を前に報告した。今回、T系統にも共通するプライマーを選定して、これまでに報告されているわが国のSPFMVのすべてを検出可能とした。さらに、これによって増幅されたDNAを制限酵素で切断し、その分子量をしらべることによりウイルス系統を推定することもできる。

成果の内容・特徴

  • 利用する共通プライマー(Tosプライマー)の配列は、5'端側が5'-GACAACACACTTATGGTTGT-3'で、3'端側が5'-CGCGCAAGACTCATATCAGT-3'である。この配列は、SPFMV3系統のRNAの塩基配列に共通する部分の配列である。これを利用することにより、SPFMVに感染していると約1.4kbの明瞭なDNA断片が増幅される(図1)。
  • サツマイモ葉からのRNAの抽出方法は、平成7年度の九州農業研究成果情報(RT-PCRによるサツマイモ葉からのサツマイモ斑紋モザイクウイルスの検出法)に記載した通りである。サツマイモ塊根の皮を用いるときはCF11処理を省略できる。
  • えられたDNAを制限酵素EcoRI及びBamHIで処理することによって、系統判別が可能である(図1,表1)。

成果の活用面・留意点

  • 検定植物への接種やウイルス抗血清を用いなくとも、圃場のサツマイモの葉や塊根の皮からSPFMVの検出及び系統判別ができる。
  • サツマイモウイルスフリー苗の高感度検定に利用できる。
  • 上の3系統と塩基配列の一部が異なるSPFMVも検出可能である。

具体的データ

図1 Tosプライマーを用いたRT-PCRによるSPFMV3系統の検出と制限酵素切断

 

表1 Tosプライマーを用いたRT-PCRと制限酵素による識別

 

その他

  • 研究課題名:暖地主要作物に発生するウイルスの諸性質の解明及び診断法の確立
  • 予算区分:経常
  • 研究期間:平成9年度(平成8～12年)