馬ゲノムデータベースと検索システムの開発

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要約

平成9年に開催された国際馬染色体調整委員会において決定された馬の染色体核型と、遺伝子の染色体の位置、シンボル、文献等のデータをデータベー化し、WWWを用いて容易に検索できるシステムを開発した。

  • 担当:畜産試験場育種部上席研究官室・家畜ゲノムチ-ム・育種素材研究室  JRA総合研究所
  • 連絡先:0298-38-8664
  • 部会名:畜産
  • 専門:育種
  • 対象:馬
  • 分類:研究

背景・ねらい

馬の生体機能、すなわち運動、生殖・生理および免疫機能などを発現・調節する遺伝子の解明、また遺伝病などの疾病に関与する特定の遺伝子を解析し、健康で強い馬づくりへの指標として活用していく為には、馬の遺伝子のクローニングと解析およびマッピングをする必要がある。その基礎として、馬のゲノムデータベースの存在意義は大きい。また、奇蹄目である馬の遺伝子、連鎖マーカーの染色体上位置解析が、現在、どの程度明らかにされているかを、リアルタイムで且つ網羅的に把握することは、奇蹄目以外のの家畜のゲノム解析を行う上で大きな助けとなる。

成果の内容・特徴

  • 馬の染色体物理地図とそれらに関する文献情報などをUNIX上の表形式データベースマネージメントシステムを用いて馬ゲノムデータベースを構築した。
  • 馬ゲノムデータベースを手軽に利用できるようにWWWを用いたビジュアルな検索システムを開発した。このシステムの中で、関連文献、配列情報の検索を可能とした。本システムでは、(図1)、(図2)を始めとする、種々の情報を引き出すことができる。(図1)には表示される馬の染色体の核型(平成9年度に開催された国際馬染色体調整委員会の基準に基づく馬染色体の核型)を示した。また、(図2)には、遺伝子あるいはマ-カ-配列の染色体上の位置を、第20染色体を例[ELA(equine leucocyto antigen)遺伝子等]にとって示した。
  • すでに公開している家畜ゲノムデータベースと馬ゲノムデータベースとの間で、連携して検索できる機能を追加した。

成果の活用面・留意点

馬ゲノムデータベースはhttp://ws4.niai.affrc.go.jp/dbsearch2/homap/にて、Web上で公開しており、デ-タ入力に関しては、電子メ-ルで受け付けている。

具体的データ

図1.平成9年度に開催された国際馬染色体調査委員会の基準に基づく馬染色体の核型

図2.馬の第20染色体の染色体物理地図

その他

  • 研究課題名:馬の遺伝子解析とその応用に関する研究
  • 予算区分:経常 (共同交流)
  • 研究期間:平成9年度(平成6～9年度)