イタリアンライグラスで開発されたSSRマーカー
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要約
イタリアンライグラスにおいて独自のSSRマーカーを作出し、連鎖解析を行った。その結果、イタリアンライグラスの染色体数である7対(14本)の連鎖群全てに位置づけられ、連鎖解析等に利用価値の高いSSRマーカーを開発できた。
- キーワード:バイテク、イタリアンライグラス、連鎖地図、DNAマーカー、SSRマーカー
- 担当:畜産草地研・飼料作物開発部・育種工学研究室 日本草地畜産種子協会・飼料作物研究所
- 連絡先:0287-37-7690
- 区分:畜産草地
- 分類:科学・参考
背景・ねらい
イタリアンライグラス (2n=14) は、本来二倍体で、日本で最も重要な牧草の一つである。我々は、イタリアンライグラスを寒地型牧草におけるDNA解析のモデル植物として考えている。これ までに、AFLP(増幅断片長多型)法を用いて、7対(14本)からなるイタリアンライグラス高密度連鎖地図を作製した。しかしながら、AFLP法は他の 集団に応用することが難しい。そこで、開発に多大な労力・費用を必要とするが、他の解析集団でも利用できるSSR(単純反復配列)マーカーの開発を目指し た。
成果の内容・特徴
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図1に
示すように、SSRマーカーは、変異しやすい反復配列の領域を含む。反復数の差が多型として検出されるために、SSRマーカーは多型頻度が高く、対立遺伝
子の数が多いという利点がある。また、プライマーが保存領域に設定されるため、SSRマーカーはそれぞれ特定の遺伝子座に位置づけられる。
- イタリアンライグラスにおいて、独自にSSRマーカーの開発に成功した。SSR領域を濃縮したライブラリーを作製し、1544クローンをシークエンスした。得られたシークエンス情報から、解析集団の親でバンドが増幅する358プライマー組み合わせを確定した(表1)。
- これらのうち解析集団で分離した240クローンについては、連鎖解析を行った。その結果、イタリアンライグラスの7対(14本)全ての連鎖群に今回開発したSSRマーカー(221クローン)を位置づけることができた(図2、表1)。
- これらのSSRマーカーを用いることにより、様々な有用形質を連鎖地図上に位置づけることが容易になると共に、別の集団で得られた情報を一つの連 鎖地図に統合することが可能となる。よって、これらのSSRマーカーは、イタリアンライグラスなどの有用形質の遺伝解析を飛躍的に進展させる礎となると考 えられる。
成果の活用面・留意点
- イタリアンライグラスに近縁な他の寒地型イネ科牧草(ペレニアルライグラス、メドウフェスク、トールフェスクなど)でも有用形質の遺伝解析に利用できる可能性が高い。
具体的データ
その他
- 研究課題名:イタリアンライグラス冠サビ病等抵抗性遺伝子の連鎖解析
- 予算区分:交流共同
- 研究期間:2001～2003年度
- 研究担当者:藤森雅博、平田球子、杉田紳一、間野吉郎、小松敏憲、高溝正、秋山典昭
- 発表論文等:平田ら(2001) 育雑学研究3(別1)P77