チャやツバキにも応用できる珪藻土を用いた植物DNAの迅速単離法

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要約

珪藻土とスピンフィルターを用いて、フェノールやクロロフォルムを使わずに各種の植物から比較的高品質のDNAを短時間で抽出することができる。この方法はチャやツバキ等のDNAの抽出が困難な植物からの抽出にも使用できる。

キーワード:DNA抽出、珪藻土、スピンフィルター、フェノール、クロロフォルム、チャ
担当:野菜茶研・茶業研究部・育種素材開発チーム
連絡先:0993-76-2126
区分:野菜茶業・茶業
分類:科学・普及

背景・ねらい

DNAマーカーによる選抜の実用化のためにはDNA抽出作業を含むマーカー検出作業の効率化が不可欠である。イネ等で行われている極めて簡易なDNA抽出方法ではチャでは実用に耐え得る品質のDNAが得られない。また、ツバキ等の一部の木本性植物では、CTAB法等の一般的な方法ではDNA抽出が困難である。これはポリフェノールや多糖類等を多量に含むためと考えられる。珪藻土とスピンフィルターを用いて短時間で高品質のプラスミドDNAをバクテリアから抽出する方法が開発されている。珪藻土とスピンフィルターを用いて植物材料から短時間でマーカー検出に耐え得る品質のDNAを抽出できる方法を開発する。

成果の内容・特徴

破砕した植物組織をSDS等を含む緩衝液に懸濁・抽出の後、遠心にて粗抽出液を得、酢酸カリウム等による除タンパクの後、スピンフィルター上に移してカオトロピックイオンを含む溶液を加えて混和する。これに珪藻土を懸濁してDNAを吸着させ、スピンフィルターの遠心にてエタノールを含む緩衝液を用いて洗浄の後、DNA用緩衝液で溶出する(表1、図1)。この方法により、チャ葉から比較的高品質のDNAを短時間で抽出できる。
抽出されたDNAはPCRによるDNA多型の検出やLong-PCR、制限酵素による消化、その後のアダプターの連結等に問題なく使用することができる。