野菜DNAマーカーデータベース「VegMarks」

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要約

DNAマーカーデータベース「VegMarks」は、野菜茶業研究所で開発された各種野菜のDNAマーカーの情報をまとめたものである。野菜の育種・遺伝研究の情報基盤として、インターネットを介して広く利用できる。

各種の野菜において、有用形質の遺伝解析やマーカー選抜法開発のために開発されたDNAマーカーの情報を研究上利用しやすい形に取りまとめ蓄積するとともに、これを国内外の野菜の遺伝・育種研究者へ広く公開するためのデータベースを構築する。

本データベース「VegMarks」(図1、http://vegmarks.nivot.affrc.go.jp/index.php)には野菜茶業研究所で開発された野菜のDNAマーカーの情報が蓄積されており、インターネットを介して一般に公開されている。2005年12月現在、ナス(130個)、ハクサイ(120個)、ネギ(166個)、メロン(143個)のマーカー情報が登録されている。
VegMarksには野菜の品目別にマーカー名、連鎖群上の座乗位置、マーカー断片長などの基本的な情報に加えて、品種系統間の多型情報などの二次的な文字情報やマーカーの電気泳動像などの画像情報が蓄積されている(図2)。
本データベースはLinuxをOSとする専用サーバー上にPostgreSQLを用いて構築され、PHPを用いて制御されている。ウェブサーバープログラムにはApache+SSLを用いている。

図1.VegMarksの入り口画面

図2.VegMarksの連鎖群別マーカー情報画面(上)とマーカー画像データ画面(右)