野菜花き品種育成研究領域は、施設野菜花き育種グループと露地野菜花き育種グループで構成され、課題「病害虫抵抗性品種及び機能性品種の開発による野菜・花きの安定供給と需要拡大」を担当します。施設野菜花き育種グループは課題「データ駆動型生産管理システム向け施設野菜花き品種の開発」を、露地野菜花き育種グループは課題「データ駆動型生産管理システム向け露地野菜花き品種の開発」を担当します。機能性表示野菜の上市による消費拡大、国民の健康への寄与、病害虫抵抗性品種の育成による農薬の削減と安定供給の実現に向け、効率的な選抜手法、選抜用DNAマーカー及び先導的品種や育種母本を開発するほか、民間等との共同研究による実用品種の育成と普及にも積極的に取り組みます。施設野菜花きでは、アセチルコリン高含有ナス、青枯病抵抗性ナス科野菜、退緑黄化病抵抗性ウリ科野菜、立枯病抵抗性トルコギキョウ、増殖効率が高く病害虫防除が容易な種子繁殖型イチゴ、良日持ち性ダリア等を、露地野菜花きでは、機能性成分高含有アブラナ科野菜、黒斑細菌病抵抗性ダイコン、ネギハモグリバエ抵抗性ネギ、白さび病抵抗性キク等を開発します。