※アーカイブの成果情報は、発表されてから年数が経っており、情報が古くなっております。
同一分野の研究については、なるべく新しい情報を検索ください。
DNAマーカーを多数の品種に適用して得られたDNAマーカー型一覧表に関する9種類の統計計算や書式変換を簡単な操作で実行するソフトウエアである。2倍体の生物に共優性マーカーを適用した結果であれば、生物種を問わず利用できる。
育成品種保護などを目的に開発されたDNAマーカーは多数の品種に適用され、それらの結果は一覧表に整理されて品種判別などに利 用されている。ところが、DNAマーカー数や適用した品種数が増え、一覧表に記載されるデータ量が多くなると、統計計算やその前処理としての書式変換を表 計算ソフトウエアのマニュアル操作で行うことが困難になる。そこで、DNAマーカー型一覧表の解析のために必要な9種類の計算処理を簡単な操作で自動的に 実現するソフトウエアを開発する。
(1) SSRマーカーの数値表記について、MinimalMarker(最少マーカーセット選択プログラム)の入力書式に合わせてアリルの表記順を昇順に並べ替えて出力する。
(2) 全ての2品種の組合せで判別可能なマーカー数を出力する。例えば、その組み合わせにおいて判別可能なマーカー数が0の場合は白抜きで表示される(図1)。
(3) 数値表記のマーカー型を文字表記に変換する。
(4) 各マーカーのアリル頻度、ヘテロ接合度、多型情報含有値を出力する。
(5) 各マーカーのマーカー型の種類と頻度を出力する。
(6) SSRマーカーのアリル間の数値の差の絶対値を出力する。
(7) SSRマーカーの数値表記を相対表記に変換して出力する。この場合、表1のすべてのマーカー型の数値を昇順に並べ替え、最上行のマーカー型の小さい側の数値を0とし、他のマーカー型との差で示す(表2)。
(8) 鵜飼の品種判別理論値(鵜飼, 2004)を出力する(表3)。この理論値が0に近いほど品種判別の精度が高い。
(9) 樹形図解析のためにアリルの存在を0/1形式で表記して出力する。