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中国や南方から日本へ稲が入ってきたとき、ジャポニカが入ってきたと考えられています。
インディカは生育が遅いものが多く、寒さにも強くないため、日本には適さなかったのかもしれません(現在では、日本の気象に適したインディカが品種改良でつくられるようになりました)。
最初に作られた米がジャポニカだったため、日本ではジャポニカが食べられるようになったのではないかと考えられます。