本所は、茨城県の南部、つくば市にあります。本所には種苗戦略室、試験・検査部及び生産連携部が設けられており、種苗管理センター全体の業務を統括しています。新品種の保護と優良な種苗の流通のため、品種登録に係る栽培試験及び品種保護対策、農作物の種苗の検査、ばれいしょ・さとうきびの原原種の生産・配布の調整などを行っています。
